Domande e Risposte su MEDLINE - PubMed
a cura di Claudia Vidale (aggiornamento 1.3.2006)
- Che cosa significa MEDLINE?
- Che cosa significa PubMed?
- Che cosa contiene MEDLINE?
- Per usare MEDLINE su internet occorre abbonarsi a servizi specifici?
- Come è strutturato un record di MEDLINE?
- Cosa significa la segnalazione in un record di MEDLINE di [PubMed – in process] o di [PubMed – as supplied by publisher]?
- Che cosa è il MeSH Database?
- Che cosa sono i MeSH Headings?
- C’è differenza fra parola chiave e MeSH?
- Che cosa è l’Automatic Term Mapping?
- L’ espansione (esplode) dei termini MeSH è automatica in PubMed?
- Tutti i subheadings sono applicabili a tutti i MeSH?
- Sono strutturati gli abstracts in PubMed e chi li scrive?
- A che cosa serve il pulsante Related Articles?
- Alcuni MeSH sono preceduti da un asterisco, che cosa significa?
- A che cosa serve il Preview/Index che compare appena sotto l’area di immissione della stringa di ricerca?
- Ho effettuato una ricerca bibliografica ed ho trovato un centinaio di record. Desidero guardarli tutti e stampare esclusivamente quelli di mio interesse. Come fare?
- Ho eseguito una ricerca MeSH direttamente dalla homepage di PubMed. La mia ricerca riguarda la dieta dell’otite media. L’impostazione è la seguente: otitis media[dt]. Perché il sistema mi dice che c’è un errore di sintassi?
- A che cosa serve il pulsante Details?
- Con che estensione si salvano i files?
- Non conoscendo esattamente l’ortografia di un termine, come si può fare per effettuare una ricerca?Come si utilizzano gli operatori logici?
- A che cosa serve l’archivio History?
- Quando è opportuno applicare i Limits?
- Cosa significa quando una citazione riporta la dicitura “in process”?
- Cos’è una strategia di ricerca in PubMed?
- Come sapere se una rivista è censita da PubMed?
- Dove si trovano le riviste gratuite in PubMed?
- Come si chiama la rivista gratuita di PubMed Central che pubblica prevalentemente i risultati negativi in medicina?
- Perché non c’è un link al full text della citazione che ho trovato?
- Ho trovato degli errori in una citazione bibliografica di PubMed e che mi riguardano, come devo fare per segnalarlo alla National Library of Medicine?
- Posso effettuare ricerche in PubMed sul mio palmare?
- A che cosa serve My NCBI?
- Come fare per registrarsi a My NCBI?
- Come salvare una ricerca in My NCBI?
- Come richiamare una ricerca da My NCBI?
- C’è una banca dati gratuita che permette di consultare contemporaneamente più risorse bibliografiche elettroniche?
- C’è una banca dati gratuita che permette di consultare libri in formato elettronico?
-
Significa MEDLARS (Medical Literature Analysis and Retrieval System) on line. Questo appunto per identificare un determinato tipo di informazione che si può ottenere navigando nel web.
Quando la NLM ha assegnato il nome di PubMed non ha pensato ad un acronimo o ad una abbreviazione. Tuttavia si può dire che:
- "Med" si riferisce al database MEDLINE, che è quanto si può trovare in PubMed;
- "Pub" può avere due significati ossia Public, dal momento che PubMed è la versione pubblica di MEDLINE, o Publisher, dal momento che PubMed include collegamenti ai siti degli editori.
MEDLINE raccoglie citazioni bibliografiche (non il testo degli articoli al quale è possibile accedere in alcuni casi e che rappresenta un valore aggiunto di PubMed) tratte da circa 4844 riviste specializzate (dati 17.12.2005) e abbraccia tutti gli ambiti delle discipline mediche, infermieristiche, odontoiatriche, veterinarie, di organizzazione sanitaria e scienze precliniche. Gli articoli delle riviste sono "indicizzati" (cioè viene loro attribuito un soggetto che a sua volta viene inserito in un indice) in tempi che variano da circa 15 giorni a 2 mesi dal momento della pubblicazione. Ogni articolo viene trasformato in una citazione bibliografica secondo una procedura standard che prevede la sua suddivisione in elementi essenziali logicamente determinati (es. autore/i, titolo dell’articolo, titolo della rivista, anno di pubblicazione, ecc.). Ogni citazione corrisponde a un solo record. I record contenuti nell’archivio MEDLINE sono circa sedici milioni.
No, basta utilizzare siti che forniscono MEDLINE gratuitamente
In tutte le banche dati i record, in questo caso le citazioni bibliografiche, sono suddivisi in campi per consentire una strutturazione delle informazioni e una ricerca molto mirata su di esse.
I campi particolarmente significativi per la ricerca sono i seguenti:
autore (vengono inseriti tutti gli autori);
titolo dell’articolo (e parole del titolo);
descrittori di soggetto (sono detti MeSH, ovvero "Medical Subject Headings") e rappresentano l’argomento di ogni singolo articolo;
abstract generalmente strutturato (o riassunto, presente nella base dati in inglese – fornito dall’autore dell’articolo il cui testo è ricercabile anche per singole parole); fonte bibliografica (titolo della rivista in forma abbreviata, anno, volume, fascicolo, pagine); ente di appartenenza e indirizzo del primo degli autori dell’articolo; lingua originale in cui l’articolo è stato pubblicato; tipo di pubblicazione (ad es. lettera, editoriale, rassegna).
Significa che non è stato ancora attribuito il descrittore MeSH. Dal punto di vista pratico questa citazione non verrà trovata con una ricerca con il MeSH Database. Sarà necessario quindi proporre, in questo caso, ricerche “libere” o con preview/index.
Il MeSH (Medical Subject Heading) è un thesaurus, ossia un vocabolario di termini controllati che consente di permutare il termine immesso nella casella di ricerca in quello semanticamente più vicino a quello indicizzato dalla NLM. Si evita così la dispersione e l’imprecisione della risposta al quesito posto. E’ una struttura organizzata ad albero (che viene evidenziata cliccando sul MeSH di interesse), all’interno della quale ci si può concettualmente spostare da un termine più generale ad un termine più specifico.
E’ strategico iniziare ogni ricerca dal MeSH Database.
I MeSH Heading (o descrittori) sono i termini che la NLM abbina, con un sistema di indicizzazione, ad ogni citazione bibliografica (ad eccezione di quelle in process o as supplied by publisher che ancora non lo possiedono).
Per ogni MeSH è riportata la descrizione del proprio significato così da non consentire interpretazioni differenti. Per utilizzare una banca dati è indispensabile un linguaggio chiaro e condiviso.
Diversamente non sarebbe possibile comunicare (Torre di Babele!).
Attenzione! Se un articolo non è stato ancora indicizzato (in genere trattasi di informazioni non più vecchie di due, tre mesi) non sarà presente nel MeSH Database.
Sì, la parola chiave è un termine che definisce un determinato concetto. Il MeSH è un termine che definisce un determinato concetto ma è organizzato in forma gerarchica in base ad un vocabolario controllato (thesaurus) che può essere sfogliato al fine di consultare con facilità il termine gerarchicamente superiore (quello che lo comprende) o quello gerarchicamente inferiore (quello che è compreso).
L’Automatic Term Mapping è un tentativo di aiuto, dato automaticamente dal sistema, di conversione delle parole immesse nella casella di ricerca in termini MeSH. Inoltre viene anche ricercato il termine digitato. Ad esempio se inseriamo nella query box di PubMed la parola cancer, il sistema si comporterà nel seguente modo:
"neoplasms"[MeSH Terms] OR cancer[Text Word]
L’Automatic Term Mapping processa in modo differente i termini inseriti nella query box a seconda che si riferiscano a MeSH, Journals o Nomi di autori.
Per valutare come sono stati convertiti i termini dal sistema corrisponde effettivamente a quanto desiderato cliccare su Details.
Sì, il sistema lo stabilisce come default.
No, perché ad ogni MeSH sono applicabili solo alcuni subheading che servono a delimitare meglio un determinato ambito di studio.
Gli abstracts appaiono in PubMed come vengono pubblicati nella rivista; non sono scritti o curati dalla Biblioteca (si intende dalla NLM). Tuttavia, se il giornale che pubblica l’articolo richiede abstracts strutturati, o per i giornali dove non è un requisito l’autore scrive un abstract strutturato, quello che si trova nel database è un abstract strutturato. Se il giornale non lo richiede, quello che appare è esattamente quanto viene pubblicato, in qualsiasi formato si presenti.
Ad avere una bibliografia di articoli che, partendo dall’articolo selezionato, contengono i MeSH maggiormente significativi contenuti nell’articolo di partenza.
Significa che questi soggetti sono considerati come maggiormente significativi per quel determinato articolo e rappresentano gli argomenti di forza di quella determinata pubblicazione.
A scegliere dei termini specifici che appaiono in alcuni campi predefiniti di PubMed.
Guardo i records e man mano che mi interessano spunto il quadratino sulla sinistra. Alla fine dell’esame delle cento citazioni clicco su Display . Saranno così evidenziate solo le citazioni di mio interesse.
Essendo Drug Therapy un qualificatore deve essere diviso dal concetto principale (MeSH) dalla barra. Il sistema non riconosce le parentesi quadre previste, invece, per i Tag. La sintassi corretta sarà pertanto: otitis media/dt. (Suggerimento: anche se sei bravo fai un passo per volta così non rischi di incorrere in errori!).
A vedere come ha proceduto il sistema nella ricerca assegnata. Mostra come è stata commutata la ricerca con l’automatic term mapping e la sintassi applicata.
Txt oppure doc.
Non conoscendo esattamente l’ortografia di un termine, come si può fare per effettuare una ricerca?
Conoscendo la parte iniziale del termine inglese si può usare il meccanismo del "troncamento". Basta terminare la parola ad un certo punto facendola seguire da un asterisco (senza spazio). Il sistema cerca i primi 600 termini quando si esegue dalla query box di PubMed e si effettua, pertanto, una ricerca libra (o di base). Questo meccanismo è chiamato anche esplosione. Cerca, invece, tutti i termini più vicini semanticamente se si effettua dal MeSH Browser.
Gli operatori logici o booleani sono AND, OR e NOT.
In PubMed vanno digitati a lettere maiuscole.
Si usano per cercare più parole, Headings o Subheadings che si desidera correlare fra loro.
AND: esegue il prodotto logico di due o più parole o Headings;
OR: esegue la somma logica di due o più parole o Headings;
NOT: esclude due o più parole o Headings non pertinenti ai fini della ricerca
Tutte le ricerche possono essere combinate fra loro.
Si suggerisce di usare un solo operatore logico per volta.
PubMed archivia temporaneamente (per otto ore) tutte le ricerche nella cartella History.
Il link è attivo dalla barra degli strumenti della pagina principale (Home page).
History è il modo più facile per concatenare le ricerche che sono state effettuate separatamente.
Applicare i Limits solo dopo aver perfezionato la ricerca.
Ė opportuno ricordare che per ogni Limits utilizzato verranno perdute delle informazioni e, pertanto, è meglio scegliere prima di applicarli altri sistemi di selezione più efficaci.
Che è inserita nel database ma non sono ancora stati attribuiti i descrittori MeSH.
E’ una pianificazione dei contenuti attesi, in risposta alla propria ricerca, dal sistema.
Per stabilire se una rivista è indicizzata in PubMed, ossia se i suoi articoli sono inseriti nel database bibliografico, si utilizza il
Journal Database, accessibile dal menu laterale del Pubmed.
Nella Query box è sufficiente inserire una delle parole contenute nel titolo della rivista e cliccare su go per ottenere l’elenco delle riviste che contengono nel titolo quel termine. Sotto il titolo è riportato l’ISSN (sia cartaceo che elettronico), cioè il codice numerico riconosciuto internazionalmente per identificare quella determinata rivista. Cliccando sul titolo si può ottenere l’abbreviazione del periodico riconosciuta in tutto il mondo. L’ultimo numero che appare a fianco di NLM ID, se ciccato, porta alla scheda bibliografica del periodico generata dalla NLM (LocatorPlus)
Si chiama Journal of Negative Results in Biomedicine.
PubMed è un archivio di citazioni bibliografiche e non di full text che rappresentano un valore aggiungo e non un requisito. I link sono accessibili per i periodici i cui editori partecipano a
LinkOut. Gli editori che partecipano all’iniziativa inseriscono un collegamento nell’Abstract del formato Citazione di PubMed. Un esempio di accessibilità si può fare con la rivista Annals of Internal Medicine (Americal College of Physicians) il cui editore partecipa all’iniziativa LinkOut e per la quale è stato pagato l’abbonamento elettronico (accesso consentito solo dall’Azienda Ospedaliera Santa Maria della Misericordia o dal Policlinico Universitario). Automaticamente da PubMed si potrà visualizzare il full text. Un altro esempio di mancata accessibilità si può fare, invece, con la rivista Medical Dosimetry (Elsevier Science) che non possiede da PubMed la possibilità di ottenere il full text.
Questo però non significa che il dipendente ospedaliero non possa ottenere ugualmente questa informazione seguendo un altro percorso e cioè accedendo alle riviste della
Biblioteca di Medicina.
Se la citazione è riportata [PubMed - in process] o in [ PubMed – as supplied by publisher] non è necessario segnalare l’inconveniente in quanto i dati saranno ricontrollati e corretti. Se invece l’informazione errata appare in [PubMed - indexed for MEDLINE] è opportuno scrivere all’
Help Desk.
My NCBI è uno strumento per salvare le ricerche bibliografiche per le quali c’è interesse di riproposta. È necessaria registrazione.
Dalla barra della Home page di PubMed cliccare (sotto My NCBI) su Register e inserire i dati richiesti. Quindi cliccare su Register.
Effettuare una ricerca e, dopo aver aperto My NCBI (è necessario digitare user e password precedentemente inseriti nel modulo di registrazine), salvarla cliccando su Save Search (si trova a dx della Query box). Il sistema consente anche di ricevere gli aggiornamenti riguardanti la ricerca salvata per e-mail.
Dall’elenco delle ricerche salvate selezionare, spuntando il quadratino, quella d’interesse. Cliccare il pulsante What’s new for Selected. Apparirà il numero dei nuovi record sul quale è necessario cliccare per vedere le citazioni bibliografiche.
Uno strumento recente messo a disposizione dalla National Library of Medicine è
Entrez, The Life Sciences Search Engine, che consente di cercare contemporaneamente sul catalogo online della NLM, sui manuali online, sul Medline e su tutte le altre basi dati correlate e amministrate dalla NLM. È possibile accedere anche a singoli capitoli di libri.
Sì, si tratta di
Bookshelf che, di recente istituzione, consente l’accesso a molti testi elettronici.
È opportuno utilizzare Single Citation Matcher di PubMed ed inserire il cognome dell’autore e l’iniziale del nome nella casella denominata Author’s last name and initials (e.g., Smith BJ). Si clicca poi su search e si ha il risultato desiderato. Allo stesso modo si può agire conoscendo solo parti di una citazione bibliografica e volendo ottenere un’ informazione specifica.
